De la misma manera en que ocurría en otras civilizaciones prehispánicas que existieron siglos atrás, la cultura zapoteca estuvo marcada por una estratificación social equilibrada. La familia era considerada la forma de unidad básica en comparación con la organización social de la cultura zapoteca. La cultura zapoteca contaba con una organización social dividida de la siguiente manera:
Matrimonio
La cultura zapoteca practicaba la endogamia dentro de sus comunidades, es decir, que los miembros de un grupo familiar contraían matrimonio con otros miembros del mismo grupo familiar, sin embargo, no estaba prohibido formar una familia con los miembros de otras.
Se distinguían dos tipos de matrimonio, la unión libre, regida por las leyes comunes de los zapotecas y el matrimonio por la iglesia Católica, el divorcio estaba prohibido por la iglesia, pero las parejas se separaban y se unían libremente.
Patriarcado
Las comunidades zapotecas estaban organizadas a través del sistema del patriarcado, es decir, que la figura central dentro de la comunidad era el hombre, eran muy pocas las tribus que se organizaban de forma matriarcal.
La familia
En la cultura zapoteca sus miembros favorecían a las familias extensivas, es decir, a aquellas que estaban formadas por padres, hijos, abuelos, tíos y primos, pero las nucleares eran menos favorecidas, aunque estas últimas por estar compuestas solo de padres e hijos, solían vivir cerca del resto de los miembros de la familia.
Herencia
Según las normas de los zapotecas, en caso de la muerte de los padres, la herencia era dividida de forma equitativa entre todos los hijos, sin embargo, también ocurría que el hijo menor terminaba siendo más beneficiado, por vivir con sus padres cuando estos fallecieron.
Además de lo mencionado, la descendencia masculina heredaba una mayor cantidad de bienes en comparación con la descendencia femenina, esto se debía a que como ya se mencionó la cultura zapoteca, estaba basada en el patriarcado.
Las extensiones de tierras podían ser heredadas antes de la muerte de los progenitores, especialmente cuando uno de los hijos contraía matrimonio y cuando los padres eran tan ancianos que no podían trabajar la tierra para obtener cosechas y participar en las actividades comerciales de la region.
División social
La sociedad zapoteca se dividía en tres grupos principales, los sacerdotes, la nobleza y el pueblo común y cada de las comunidades zapotecas contaba con un jefe o cabeza de grupo que se encargaba de controlar todos los asuntos de gran relevancia dentro de la tribu.